La población se ubica a una distancia de 115 km de la capital  del estado de Oaxaca. Sus colindancias son San Andrés Solaga, al este; al sureste, San Baltazar Yatzachi el Bajo; al suroeste con Santiago Zoochila y Santa María Tavehua, límite que se extiende hasta el noroeste. Zoogocho posee una superficie total de 1 307 hectáreas y se encuentra a una altura promedio de 1 520 metros sobre el nivel del mar.

El nombre original de la comunidad es Xgollo, que en lengua zapoteca quiere decir 'Sobre ciénega, lugar pantanoso o de podre-dumbre'. Esto debido a que era un lugar pantanoso, lleno de char-cos y veneros de agua por todas partes, lo que propiciaba que las plantas y animales muertos en ese lugar se pudrieran, provocando un olor característico. El nombre zapoteco fue castellanizado a Zoogocho y, después, con la con la asignación de su santo patrón, después se denominó San Bartolomé Zoogocho.

El señor César Adalberto Cruz, habitante de San Bartolomé, cuenta una historia que forma parte de los mitos fundacionales de Zoogocho. Él narra que el nombre del pueblo surge de un relato so-bre cómo en sus orígenes, la población se encontraba ubicada a unos 15 km hacia el noroeste. En este lugar existió un templo en el que los pobladores veneraban a susdioses. En cierta ocasión, apare-ció un nahual, una inmensa serpiente que se apoderó del templo y lo convirtió en su nido, y así podría devorar a los animales o niños que pasaban por ahí.

El suceso obligó a los pobladores a abandonar el lugar. A pesar de los esfuerzos de los pobladores, el animal seguía ocasionando daños, por lo que decidieron invocar a sus dioses para que les ayudaran a eliminar al nahual. Entonces apareció en el lado poniente del actual pueblo, un boquerón de donde salieron miles de hormigas llamadas "barrenderas", que atacaron a la serpiente, y ésta, por más que se defendía, no podía con la gran cantidad de insectos. 

Al verse derrotada, la serpiente trató de huir hacia donde se habían trasladado los pobladores; era tan inmensa que dejaba un surco a su paso. Al ver que su había fracasado, se enroscó dejando que las hormigas se la comieran. De ahí surge el nombre de Zoogo-cho, que en zapoteco también podría significar 'Escama podrida', haciendo referencia a la serpiente.

La mayoría de los historiadores, tanto oaxaqueños como ex-tranjeros, coinciden con la idea de que los pobladores zapotecos de la Sierra Norte tienen su origen en la región de los Valles Centrales del estado (como Zaachila y Monte Albán, por por mencionar los sitios más importantes). Es preciso referir aquí que el idioma zapoteco  posee muchas variantes. Una explicación a esto es la distribución de los pobladores a lo largo de las diferentes regiones. Es decir, debido al proceso migratorio y al paso del tiempo, el zapoteco original se fue transformando y adquiriendó matices microregionales. Por ejemplo, los pobladores de Zoogocho se autodefinen de la siguiente manera: “Nosotros, los zapotecos de este rumbo, nos llamamos a nosotros mismos bene xhon o bene xhun, que significa 'Personas zapotecas'. Los zapotecos de esta área nos llamamos entre nosotros: benebyo xhon y bene welhash”.

El espacio físico de esta zona es agreste; se eleva y se esparce a través de montañas, cerros, peñas y quebradas con una flora boscosa. Los frailes dominicos combatieron durante siglos el fenómeno reli-gioso de las supersticiones que también se manifestaba en la Sierra. En torno a esto, los frailes escribían: “Acaso la configuración del terreno escarpado, en donde están situados esos pueblos, sobre faldas de cerros con crestones imponentes y sombríos y a orillas de profundos barrancos que por doquiera excitan la imaginación de los pobladores, influyó en el carácter de los indios, favoreciendo su superstición”.

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